С Debian 10 и примерно соответствующей ей Ubuntu strongswan закрыт аппармором, через это все инструкции типа «создайте ссылки на сертификаты в /etc/letsencrypt/live/yourdomainnamehere» перестали работать.

Решение чертовски простое, хоть и не очевидное. Надо добавить в /etc/apparmor.d/local/usr.lib.ipsec.charon две строчки:

/etc/letsencrypt/live/yourdomainnamehere/* r,
/etc/letsencrypt/archive/yourdomainnamehere/* r,

После чего перезапустить apparmor и strongswan

systemctl restart apparmor
systemctl restart ipsec

И ссылки на сертификаты Let’sEncrypt заработают.